陆丰东站站房为线侧下式，采用下进下出的流线组织方式，整体结构为地上三层车站，地上一层为候车大厅和出站口，二楼设置商铺，除商铺外还有一个内庭，会种些花草，增加些绿化设施 [7]，地上三层为站台层，通过旅客进（出）站地道与车站相连。
