明清以后，法门寺逐渐衰落。明隆庆三年（1569年），凤翔府发生地震，历经数百年历史的唐代四级木塔崩塌。明神宗万历七年（1579年），地方绅士杨禹臣、党万良等捐资修塔，历时30年建成八棱十三级砖塔，高四十七米，棱以雕琢花砖砌成，拱角处悬挂铃铛。地面第一层塔门朝向南方，东、南、西、北四正面皆有精美石刻，分别是“浮屠耀日”、“真身宝塔”、“舍利飞霞”、“美阳重镇”，东北、西北、西南、东南四偏面分别嵌有乾、坎、良、震、巽、离、坤、兑八卦符文。塔的第二层至第八层均有斗拱、栏杆，自第九层起以青砖拨檐。塔身第二层至第十二层每层各设有8个佛龛，每龛供奉铜佛1至3尊，佛像旁放置经卷函匣，外罩铁网。塔顶以青铜铸造，三片相接成葫芦形，上铸“明万历三十七年造”8个楷字。综观整个舍利塔全貌，塔基边长27米，高1.8米，塔基、身、顶三者相加后的寺塔高为60.25米，巍峨高耸，壮观宏丽。明代隆庆年间修缮法门寺的工匠们曾在地宫中目睹盛装佛骨的宝匣。据《扶风县志》记载：“明隆庆中，塔崩。启其藏视之，深数丈，修制精工，金碧辉煌。水银为池，泛金船其上。内匣贮佛骨，旁金袈裟尚存。”不过，工匠们在惊诧之余，出于对佛祖的崇敬，并不敢扰动佛骨宝匣和地宫宝物，地宫随后被封闭，在地宫之上建成新的宝塔。
