海门境内河沟纵横，成网络状分布，属长江水系。东西走向的河流较宽一点的主要有通吕河海门段、通启河海门段、海门河；南北走向的有浒通河、圩角河、青龙河、大新河，灵甸河等。各河流分别与长江、黄海相通。按级分一级河有通吕河、通启河二级河有排成河、三余竖河、运盐河，浒通河、圩角河、青龙河、大洪河、灵甸河、海门河等。一、二级河总长247.4公里，三级河64条。总长648公里；四级河2130条，总长2198.73公里。泯沟19287条，总长8658.9公里。通吕河海门段和通启河海门段南北两大水系从西向东穿越全境，流域总面积544.8平方公里。两大水系又分为通东、中西、中东、沿江4个片。水域面积3.24万公顷，海域面积1.87万公顷。
