车站为地下两层双岛式站台车站，其中A、F、E出入口位于车站西侧，B、C、D出入口位于车站东侧；地下一层为1号线、4号线、5号线共用站厅层，站厅层中部公共区由栏杆及进出站闸机分隔成付费区、非付费区两部分，中部为付费区，付费区内各设2组楼扶梯分别到达1、4、5号线站台层。两端为非付费区，非付费区北侧设置4组楼扶梯与合肥南站北广场地下一层相连，方便广场客流、公交车以配套商业客流与地铁之间的换乘；非付费区南侧设置3组楼扶梯与合肥南站地下一层出站大厅相连；地下二层为站台层及4号线换乘通道，设有一座双岛式站台，通过6部楼扶梯、2部无障碍电梯与站厅层相连。
