三清山植被垂直分布明显，主要的植被类型有常绿阔叶林、常绿和落叶阔叶林、针叶林、针阔混交林、山顶矮林等。三清山是东方中亚热带湿润常绿阔叶林珍稀植物品种保存较为完好的地区之一，保存了大量的东亚至北美间断分布的物种，也有世界上的珍稀物种，是华东黄杉、南方铁杉、中国鹅掌楸等中生代至第三纪残遗的珍稀濒危物种及第四纪冰期东亚重要物种的“生物避难所”。三清山共有植物157科、500属、1088种，其中有不少种类为首次发现，具有极高的研究和开发利用价值。三清山主要珍稀植物包括黄山松、华东黄杉、华东铁杉、福建柏、青果树、高山黄杨等，多为国家保护物种，树龄达百年、千年以上的比比皆是，有很高的经济价值和观赏价值。三清山是杜鹃花的故乡，这里有云锦杜鹃、猴头杜鹃、紫丁香、马银花、映山红等19种，其中天女花是世界珍稀花卉，为三清山群芳之冠。三清山还有药用植物349种，隶属于124科，如黄连、黄精、何首乌、大血藤、绞股蓝、草珊瑚等。
