截至2019年12月，吉安西站站房是线侧平式站房，层数为三层（含架空层），旅客组织采用“上进下出”方式。其中架空层包括出站大厅、售票厅、商业服务、快捷换乘、变电所等。一层为落客平台、候车大厅、广厅、VIP商务候车厅、售票厅、旅客服务大厅、办公区、设备区等。二层为候车大厅、旅客服务大厅、管理用房等。落客平台以南与城市高架桥衔接，主体采用混凝土框架结构。此外，高铁站房左右两侧分别修建了长途客运站和公交车站，实现公铁无缝衔接，私家车和出租车可直接到进站口。 [4]
